苹果NLP(Nin-Like Protein)转录因子基因家族全基因组鉴定及表达模式分析

王寻陈西霞李宏亮张富军赵先炎韩月彭王小非郝玉金 · 2019

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苹果

NLP转录因子

氮信号

生物信息学

期刊名称：

中国农业科学 2019 年 23 期

摘要：

【目的】探究苹果NLP转录因子全基因组特征与表达模式,以便更深入地了解其结构特点与作用机制。【方法】基于本地BLAST数据库和Pfam数据库两大数据库,运用blastp和hmmsearch两种查询策略,对苹果全基因组范围内的NLP转录因子家族成员进行鉴定。经过严格筛选与确认后,对搜索结果进一步展开分析,主要分为3部分,包括NLP蛋白分析、NLP分析与苹果NLP表达分析,其中ProtParam、Clustal Omega、MEGA7、MEME 5.0.2、SOPMA、Phyre2、WoLF PSORT...