六钼酸盐有机胺杂化衍生物与SARS-CoV 3CL~(pro)相互作用的分子动力学模拟
邵琛
王建萍
杨国春
苏忠民
胡冬华
孙家锺
· 2008
期刊名称：
高等学校化学学报
2008 年
01 期
摘要：
采用分子动力学模拟方法,在分子水平上探讨六钼酸盐有机杂化衍生物潜在的抗SARS病毒活性.3CLPRO 主蛋白酶是冠状病毒复制和转录过程中起关键作用的功能蛋白,因此采用SARS COV 3CLPRO作为靶标进行抗SARS病毒的药物设计.使用INSIGHT Ⅱ软件包中的BIOPOLYMER,DISCOVER 3,PROFILE 3D和AFFINITY等模块,研究 POMS/3CLPRO 相互作用的结合位点和作用性质.研究其能量变化规律,探讨了多酸化合物对SARS病毒可能的抑制机理.研究结果表明,POMS与3CLPRO在酶的催化活性位点处有较强的结合力.形成的复合物主要以静电相互作用相结合,氢键相互作用对复合物的相对稳定性有一定影响.对于POMS/3CLPRO复合物,有机胺基团取代的POMS所带负电荷比未取代体系的高,比3CLPRO的结合能更高,这与POMS的相关量子化学计算结果吻合.
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